Na maioria dos casos o tratamento envolve o uso de medicamentos tópicos, ou seja, aqueles aplicados diretamente sobre a pele ou couro cabeludo do paciente. Normalmente, é empregado um creme ou uma pomada de cortisona (ou esteroide), mas seu uso deve restrito, devido aos seus efeitos colaterais. Em algumas situações, são usados cremes com diferentes concentrações de esteroide para as áreas distintas da pele e para idades diferentes. Crianças devem utilizar corticosteroides de menor potência, pela sua capacidade de absorvê-los e causar problemas internos.
Outras medicações que não envolvem os corticosteroides podem ser utilizadas em associação a eles, ou separadamente, como os derivados da calcineurina, especialmente em áreas de pele muito fina (pálpebras, dobras axilares e região genital). A fototerapia, tratamento com raios ultravioleta (principalmente a ultravioleta de banda estreita), é bastante eficaz no controle do eczema, porém pode não estar facilmente disponível.
Nos casos mais graves, os pacientes poderão precisar de medicações orais, incluindo corticoides, imunossupressores, como ciclosporina e metotrexate, entre outros. Já em casos de complicações, como infecções secundárias, é indicado o uso de antibióticos. Alguns casos necessitam de internação hospitalar para controle adequado da dermatose.