O objetivo principal do tratamento da infecção pelo HPV é a remoção das lesões condilomatosas, o que leva a cura a maioria dos pacientes. Se deixadas sem tratamento, as verrugas podem desaparecer, permanecer inalteradas, ou aumentarem em tamanho ou número. Os tratamentos disponíveis para são: ácido tricloroacético (ATA), crioterapia, eletrocoagulação, podofilina, imiquimod, interferon, vaporização a laser e retirada cirúrgica. A escolha do tratamento deve ser indicada pelo médico ao paciente. Ela costuma depender principalmente do tamanho, número e local das verrugas.
Na mulher gestante, as verrugas poderão atingir grandes proporções, em virtude do aumento, pelos vasos sanguíneos, da nutrição nas áreas genitais, devido a alterações hormonais e imunológicas que ocorrem nesse período. Como as lesões de condiloma podem proliferar e se fragmentar facilmente, muitos especialistas optam por sua remoção, se possível, na primeira metade da gestação.
A cancerização, mais comum nas mulheres, ocorre mais no colo do útero. Nos pacientes com deficiência imunológica, pode haver resposta insatisfatória ao tratamento, além do aparecimento de lesões na laringe (papiloma), que também pode ocorrer em lactentes, por contaminação no canal de parto.